Die Linie 16 fährt vom Ernst-Reuter-Platz über den Hauptbahnhof auf direktem Weg bis zur Autobahn-Anschlussstelle Regensburg Süd und von dort weiter parallel zur B16 über
Großberg und Graßlfing (und einem kurzen Stück auf der B16) nach Bad Abbach.

In Bad Abbach ist die Linienführung seit der Ausweisung der Straße „Am Markt“ als Fußgängerzone sehr verschlungen: die Linie folgt zwischen der B16 und „Am Markt“ der Regensburger Straße, weiter der Römerstraße bis Heidfeld, verlässt Bad Abbach und kehrt über Peising wieder zurück, um den südlichen Teil von Bad Abbach mit dem Reha-Zentrum (Haltestelle Stinkelbrunnstraße, von dort nur wenige Meter zum Kurhaus und zur Klinik) und der Kaisertherme in einer Schleife zu bedienen. Zwischen den durch die Fußgängerzone getrennten Haltestellen "Am Markt" und "Stinkelbrunnstraße" benötigt der Bus zwölf Minuten - deutlich länger als ein Fußgänger - , bedient allerdings auch das Shopping-Center und Wohngebiete wie Bad Abbach, Heidfeld sowie den Heinrichsturm (Haltestelle Hebbergring) und das Museum (Haltestelle Neues Rathaus). Hier befindet sich auch noch ein Busdepot der Fa. Watzinger.

Der Grundtakt ist Montag bis Samstag ein Stunden- am Sonntag ein 2-Stunden-Takt zur Minute 35 ab Ernst-Reuter-Platz und zur Minute 18 ab Bad Abbach Kaisertherme. Die meisten Verstärkerfahrten
verkehren Montag bis Freitag 30 Minuten versetzt über Niedergebraching und die B16
statt über Großberg und Graßlfing und enden in Bad Abbach, Heidfeld.

Am Samstag und Sonntag verkehren einzelne Fahrten des Grundtakts über Niedergebraching.

Die Bedienung erfolgt überwiegend durch die Regionalbus Ostbayern GmbH 
(DB Bahn Ostbayernbus) und das Busunternehmen Watzinger.

Für die Schülerbeförderung gibt es folgende zusätzliche Fahrten mit abweichendem Linienweg:
Die Verstärkerfahrt der Fa.Laschinger ab Bad Abbach, Sportplatz bedient Graßlfing, Niedergebraching und die Klenzestraße. Die Verstärkerfahrt ab und bis Oberndorf verkehrt über Graßlfing und Großberg, morgens sogar an schulfreien Tagen. Morgens gibt es je eine Fahrt ab Bad Abbach Frauenbrünnlstraße (über Niedergebraching), Bad Abbach Heidfeld (über Graßlfing und Großberg) und Großberg über Klenzestraße, Goethestraße bis zum Albertus-Magnus-Gymnasium, mittags ab Klenzestraße über Pentling Hölkeringer Straße und Niedergebraching bis zur Kaisertherme und ab Goethegymnasium über Albertus-Magnus-Gymnasium, Klenzestraße, Großberg und Graßlfing bis zur Kaisertherme.
Mittags verkehrt an Schultagen eine Fahrt ab Ernst-Reuter-Platz über Niedergebraching bis Lengfeld.

Die Spätfahrten bedienen teilweise zusätzlich Niedergebraching, die Nachtfahrt in der Nacht von Samstag auf Sonntag bedient als RVV-Nachtschwärmerlinie "N16" statt der Haltestellen in der Augsburger Straße die Haltestellen Nibelungenstraße bis Geibelplatz der Linie 2A und Otto-Wels-Straße bis
Pentling, Hölkeringer Straße der Linie 8.

Die Linie 16 beginnt und endet als einzige Linie regelmäßig am Ernst-Reuter-Platz. Sie ist die Buslinie mit den meisten Fahrgästen, die eine Regierungsbezirksgrenze überschreiten (nämlich zwischen Graßlfing in der Oberpfalz und Bad Abbach in Niederbayern).